Осенью 1943 г. в Лопухинских палатах монастыря были открыты Московские богословские курсы, а 14 июня 1944 г. Богословский институт, позже преобразованные в Московские Духовные академию и семинарию и переведённые в 1948 г. в Троице-Сергиеву Лавру. C 1964 по 2021 год Лопухинские палаты монастыря служили резиденцией митрополитов Крутицких и Коломенских. В 1994 г. была возобновлена монашеская община, находящаяся в ведении митрополита Крутицкого. В октябре 2006 г. патриарх Алексий II направил письмо в Росимущество о передаче Новодевичьего монастыря Московской епархии. Росимущество сообщило о возможности передачи в безвозмездное пользование РПЦ зданий Новодевичьего монастыря. 27 марта 2007 г. патриарх Алексий II направил обращение к президенту РФ Владимиру Путину. 5 января 2010 г. Владимир Путин в ходе встречи с патриархом Кириллом (на встрече присутствовали также министр культуры Александр Авдеев и глава Росимущества Юрий Петров) сказал, что в 2010 г. власти планируют «полностью освободить Новодевичий монастырь и передать его в ведение Церкви». 22 марта 2010 г. Новодевичий монастырь передан в безвозмездное бессрочное пользование Московской епархии РПЦ.