Как и многие другие памятники Петергофа, здание сильно пострадало во время войны. Северная часть собора была разрушена в связи с тем, что в храме находился немецкий корректировщик, следивший за передвижением советских кораблей. Его пытались сбивать. После войны здание храма использовалось под склад тары. В 1972 г. собор был взят на учёт, а в 1974 г. — под охрану государства как памятник истории и культуры. В том же году были установлены строительные леса для проектных работ, которые выполнялись архитектором-реставратором Е.П. Севастьяновым.