С запада Васильевские ворота прикрывал Алексеевский равелин, названный в честь отца императора Алексея Михайловича. Петропавловская крепость не принимала непосредственного участия в военных действиях, так как почти сразу оказалась в центре самого города, который должна была защищать. С её стен не было сделано ни одного боевого выстрела. Впоследствии она стала использоваться в качестве главной политической тюрьмы России. Один из первых узников - царевич Алексей, сын Петра I. Здесь же находилась в заточении княжна Тараканова. В 1790-х годах в крепостной тюрьме содержался Радищев, автор произведения «Путешествие из Петербурга в Москву». Эта книга продавалась в Большом Гостином Дворе, один из экземпляров попал в руки Екатерины II, после чего она и повелела арестовать Радищева. Суд приговорил его к смертной казни, но императрица изменила приговор на ссылку. Вернуться в Санкт-Петербург Радищев смог только при Павле I.