Комендантское кладбище ведёт свою историю с 1720 г., когда у алтарной стены строящегося Петропавловского собора был похоронен комендант крепости, генерал Р.В. Брюс. С 1720 по 1917 годы на кладбище захоронены девятнадцать из тридцати двух руководителей крепости, всех умерших на своём посту.