Крепость возникла на Заячьем острове, расположенном в самом широком месте реки Невы (площадь 28 га, длина 0,9 км., ширина 0,5 км.). Первоначально в шведских источниках XVII в. остров назывался Луст-Эйланд (Весёлый остров, Весёлая земля). Название Заячий остров происходит от перевода с финского названия Яниссаари (фин. Jänissaari — Остров кролика). До начала XVIII в. заболоченный, низменный, незаселённый остров часто заливался водой во время наводнений.