К концу XIX в. возникла необходимость в срочном капитальном ремонте церкви Иоанна Предтечи. В 1902 г. благодаря поддержке министра финансов С.Ю. Витте из средств Государственного казначейства на ремонт церкви Иоанна Предтечи было выделено 64 тысячи рублей. Протоиерей Федор Успенский описал ход реставрации: «Самая главная работа — исправление фундамента — сдана была двум лучшим подрядчикам каменных работ — Дудорову и Кузмину. Вынут был по частям из-под всего храма весь прежний фундамент, состоящий из больших камней — булыжника… и заменен новым, снаружи кирпичным на цементе, а внутри бетонным. На работы по исправлению фундамента поступила большая часть сумм, асcигнованных на ремонт храма.