В 1835 г. в нижней церкви был поставлен новый иконостас и устроены еще два придела — Покрова Богоматери по правую сторону алтаря и преподобного Саввы по левую. В 1880 г. в теплой церкви проводились значительные поновительные работы на средства владельцев Ярославской Большой мануфактуры Андрея Александровича Карзинкина и Николая Васильевича Игумнова, пожертвовавших на эти цели более шестнадцати тысяч рублей. Стены храма были расписаны «под вид дикого мрамора», позолочен иконостас, поставлены новые иконы, серебряная утварь, облачения, паникадило, сделаны изразцовые печи и чугунные полы. Ранее «скудный, мрачный и обветшалый храм» преобразился. Благотворители и далее не обходили вниманием Петропавловскую церковь. На пожертвованные ими 4 500 рублей был заново переделан шпиль храма, пострадавший от сильной бури в 1884 г. Через два года производились живописные работы в теплом храме: художник Иван Егорович Дьяконов и учитель рисования П.А. Костров выполнили 32 большие композиции на сводах и поновили «десять картин старой живописи» на стенах. В 1887 г. под наблюдением архитектора Н.И. Поздеева прежняя деревянная лестница в храм верхнего этажа заменена мраморной. В 1887–1888 гг. свод летнего храма был расписан художниками Н. Егоровым и Катасевым.