В 1612 г. во время Смутного времени митрополит Кирилл (Завидов) благословил здесь Дмитрия Пожарского на поход на освобождение Москвы. И этот же собор в марте следующего года торжественно встречал проезжающего из Костромского Ипатьевского монастыря на царствование юного Михаила Романова. Когда Успенский собор обветшал, по царскому указу 1642 г. было велено новую каменную соборную церковь сделать на новом месте, а старую разобрать, сохранив лишь бывший под церковью погреб, где находилась «зелейная и свинцовая казна», укрепить его и использовать по тому же назначению. Но, так как это помещение было сырое, по предложению воеводы, на основании недоразобранных стен верхнего яруса старого собора построили казённую палату. В 1646 г. был возведён и освящён одноэтажный, без погреба, пятиглавый собор с 55-метровой колокольней.