Возле пл. Лукишкес, где теперь стоит костел, раньше было кладбище. На нем чаще всего хоронили бедняков. В 1624 г. в этом месте был поставлен деревянный костел, а рядом - монастырь доминиканцев. В 1655 г. костел сгорел. В 1690-1737 гг. доминиканцы построили каменный костел, который был разрушен при обстреле Вильнюса в 1794 г. После ремонта в 1799 г. в бывшем монастыре расположилась генеральная больница Св. Якова, которая действует по сей день. В 1812 г. французы в костеле оборудовали больницу, после этого склад, костел снова пришлось ремонтировать. Возле костела и дальше продолжали хоронить умерших. В 1844 г. костел отошел в ведение властей всемирного католического духовенства. После Второй мировой войны костел закрыли и превратили в склад, где хранилось имущество театра Оперы и балета. В 1992 г. костел возвращен доминиканцам. Больница стала католической больницей Св. Якова. Однонефный костел с цилиндрическими сводами украшает чудотворный образ Богородицы с младенцем Иисусом (XVIII в.), помещенный на большом алтаре. В нишах стоят деревянные статуи св. Гиацинта и св. Доминика (XVIII в.). Возвращен и образ Милосердной Богородицы (Лукишкской Богородицы), с XVII в. славящийся чудесами.