В 1812 г. Собор был разорен французами. Император Николай I пожертвовал родовую вотчину под госпиталь-богадельню для увечных воинов Отечественной войны 1812 г. (впоследствии также других войн XIX в.). В 1840-1853 гг. по проекту архитектора К.А. Тона к храму пристроены три корпуса Измайловской военной богадельни. При пристройке богадельни к стенам собора были разобраны крыльца, примыкавшие к храму с северной и южной стороны. Собор стал закрытым больничным храмом, соединенным прямыми проходами с палатами инвалидов.